In Silico PCR & Молекулярний аналіз QL-EVE-EC-001 SCHEMATIC / EMPIRICAL
Схематичний режим (Schematic Mode): Координати та шкала наведені відносно заявленої довжини амплікону.
Геномні координати BED заблоковані до надання верифікованої референсної послідовності.
Загальна характеристика ампліфікаційної системи
Цільова мішень:
E. coli
E. coli
Тип методу:
Qualitative PCR method for detection of E. coli K-12 event AG3139 (EURL GMFF, 2009)
Qualitative PCR method for detection of E. coli K-12 event AG3139 (EURL GMFF, 2009)
Статус у реєстрі:
EURL GMFF Validated
EURL GMFF Validated
Довжина амплікону:
90 bp
90 bp
Аналіз референсної послідовності (кероване обчислювальне завдання)
Відносна схематична топологія праймерів (Schematic Topology Map)
Прямий праймер (Forward)
Послідовність (5' → 3'):
AATACCGTTAAACGTAAATTCTTTTTCTTT
| Довжина: | 30 nt |
| Nearest-Neighbor Tm: |
60.4°C
(SantaLucia 1998, 50mM Na+, 1.5mM Mg2+) |
| Емпірична оцінка Tm: | 52.1°C (MARMUR_DOTY_EMPIRICAL) |
| Вміст GC: | 23.3% |
| Евристика шпильок / димерів: | LOW |
Зонд (Probe)
Послідовність (5' → 3'):
Не вказано
| Довжина: | 0 nt |
| Nearest-Neighbor Tm: | Н/Д |
| Емпірична оцінка Tm: | 0°C (NONE) |
| Вміст GC: | 0% |
| Флуорофор / Гасник: | Unspecified (Schematic) |
Зворотний праймер (Reverse)
Послідовність (5' → 3'):
TCCTCCCGGTTTTTTTCGTA
| Довжина: | 20 nt |
| Nearest-Neighbor Tm: |
6E+1°C
(SantaLucia 1998) |
| Емпірична оцінка Tm: | 49.7°C (MARMUR_DOTY_EMPIRICAL) |
| Вміст GC: | 45% |
| Ризик шпильок / димерів: | LOW |