Сценарії використання платформи GMPlantsGW / GMODBRE

Сценарії використання системи Практичні посібники та алгоритми дій для аналітиків, молекулярних біологів та експертів

Каталог ендпоінтів Джерела та статистика

Карта процесів та взаємодії користувача

Візуалізація 4 ключових сценаріїв: лабораторний аналіз зразка, науковий пошук генетичних конструкцій, регуляторний аудит та адміністрування:

Сценарій 1: Молекулярний аналіз та скринінг невідомого зразка (ISO 21570 / ISO 17025) Для випробувальних лабораторій

Мета: Встановити наявність та конкретні лінії ГМО у зразку зерна чи харчових продуктів з найменшими витратами тест-систем за допомогою скринінг-матриці.

1 Етап 1: Вибір культури та первинний матричний ПЛР

Лабораторія проводить якісний ПЛР у реальному часі на поширені регуляторні елементи: промотор вірусу мозаїки цвітної капусти (p35S), термінатор нопалін-синтази (tNOS), ген фосфінотрицин-ацетилтрансферази (bar/pat) або ctp2-cp4-epsps.

2 Етап 2: Розрахунок у Скринінг-Матриці (/gmoMatrix)

Фахівець відкриває модуль Скринінг-матриця ГМО, обирає культуру (наприклад, Кукурудза / Zea mays) і виставляє отримані результати ампліфікації кнопками: [+] Позитивно, [-] Негативно або [?] Не визначено. Натисканням «Розрахувати події» запускається алгоритмічний модуль фільтрації ліній.

3 Етап 3: Отримання списку ліній-кандидатів

Система відсікає всі несумісні події ГМО, виводить перелік можливих модифікацій, формує пропозиції ліній-специфічних ПЛР-тестів для підтвердження (Confirmation Assay Suggestions) та виділяє лінії з неповною композицією елементів у реєстрі як невизначені (Indeterminate).

4 Етап 4: Завантаження праймерів та підбір CRM (/detectionMethod/crmDirectory)

Для ліній кандидатів фахівець відкриває картку методу детекції, завантажує послідовності праймерів у форматі FASTA (із розрахунком Tm) або файл планування Thermocycler CSV, а в реєстрі CRM знаходить відповідний стандартний зразок із верифікованим сертифікатом аналізу (CoA).

Сценарій 2: Науково-дослідний біоінформатичний аналіз генетичних конструкцій Для науковців та біотехнологів

Мета: Дослідження молекулярної структури рекомбінантних вставок, доменів цільових білків, промоторних послідовностей та геномних стиків.

1 Пошук за генним елементом або біологічною ознакою

Перейдіть у розділ Гени або скористайтеся повнотекстовим пошуком на головній панелі подій за ключовими словами (наприклад, Cry1Ab, epsps або vip3Aa20).

2 Молекулярний аналіз вставки та кодуючих областей

У картці події вивчається детальна інформація: походження кодуючого регіону (наприклад, Bacillus thuringiensis), тип промотора (наприклад, e35S подвоєний), термінатор та наявність маркерних селективних генів стійкості до антибіотиків/гербіцидів.

3 Експорт геномних треків та послідовностей

Завантажте BED-файл для візуалізації амплікону в геномних браузерах (IGV, UCSC Genome Browser) або FASTA-файли для локального вирівнювання за допомогою BLAST чи Clustal Omega.

Сценарій 3: Регуляторний контроль та перевірка транскордонного обігу Для Держпродспоживслужби та митних експертів

Мета: Перегляд джерельно прив'язаних відомостей про рішення в окремих юрисдикціях та виявлення прогалин для подальшої перевірки. Сторінка не встановлює легальність ввезення чи чинність реєстрації.

1 Верифікація коду OECD UID лінтером (/event/auditOecdUids)

Введіть унікальний код лінії (наприклад, MON-00810-6 або DAS-59122-7). Вбудований синтаксичний лінтер за стандартом OECD перевіряє правильність структури [3 літери]-[5 цифр]-[контрольна цифра] та попереджає про помилки набору.

2 Перевірка національних дозволів

У картці події переглядається таблиця джерельних записів про рішення за юрисдикцією, призначенням і датою. Відсутність підтвердженого українського джерела відображається як невідомий стан, а не як дозвіл чи заборона.

3 Центр вирішення конфліктів даних (/event/conflicts)

Якщо різні міжнародні органи (ISAAA та OECD) публікують відмінні дані щодо року комерціалізації або синонімів лінії, експерт звертається до панелі розбіжностей для перегляду первинних джерел.

Сценарій 4: Адміністрування, синхронізація та гармонізація даних Для адміністраторів системи

Мета: Підтримання актуальності бази даних шляхом регулярного парсингу зовнішніх джерел та контролю цілісності інформації.

1 Огляд панелі завантажень (/parser/index)

Адміністратор оцінює стан даних за дашбордом якості (кількість подій без культури, розробника чи методів детекції) та переглядає журнал останніх сесій.

2 Послідовний або селективний запуск парсерів

При появі нових звітів запускається послідовний конвеєр збору (runConsecutiveParsing) або точковий парсер для конкретної сутності (наприклад, тільки parseListOfCropLifeDetectionMethods).

3 Реконсиляція та дедуплікація сутностей

Після збору нових ліній виконується reconcileEntities: алгоритм автоматично зв'язує щойно завантажені ПЛР-методи з наявними подіями за нормалізованими кодами OECD UID.

4 Резервне копіювання бази (/backup/index)

Завершальним етапом регламентного обслуговування є створення снапшоту бази даних MongoDB у форматі JSON-файлу.

Навігація