In Silico PCR & Молекулярний аналіз QL-EVE-EC-002 SCHEMATIC / EMPIRICAL
Схематичний режим (Schematic Mode): Координати та шкала наведені відносно заявленої довжини амплікону.
Геномні координати BED заблоковані до надання верифікованої референсної послідовності.
Загальна характеристика ампліфікаційної системи
Цільова мішень:
E. coli
E. coli
Тип методу:
Qualitative PCR method for detection of E. coli K-12 event 19E (EURL GMFF, 2015)
Qualitative PCR method for detection of E. coli K-12 event 19E (EURL GMFF, 2015)
Статус у реєстрі:
EURL GMFF Validated
EURL GMFF Validated
Довжина амплікону:
85 bp
85 bp
Аналіз референсної послідовності (кероване обчислювальне завдання)
Відносна схематична топологія праймерів (Schematic Topology Map)
Прямий праймер (Forward)
Послідовність (5' → 3'):
GGTTATCCAGTAATAGCCATCTTCATC
| Довжина: | 27 nt |
| Nearest-Neighbor Tm: |
61.9°C
(SantaLucia 1998, 50mM Na+, 1.5mM Mg2+) |
| Емпірична оцінка Tm: | 56.7°C (MARMUR_DOTY_EMPIRICAL) |
| Вміст GC: | 40.7% |
| Евристика шпильок / димерів: | LOW |
Зонд (Probe)
Послідовність (5' → 3'):
Не вказано
| Довжина: | 0 nt |
| Nearest-Neighbor Tm: | Н/Д |
| Емпірична оцінка Tm: | 0°C (NONE) |
| Вміст GC: | 0% |
| Флуорофор / Гасник: | Unspecified (Schematic) |
Зворотний праймер (Reverse)
Послідовність (5' → 3'):
CCTCCCGGTTTTTTTCGTACTT
| Довжина: | 22 nt |
| Nearest-Neighbor Tm: |
61.9°C
(SantaLucia 1998) |
| Емпірична оцінка Tm: | 53°C (MARMUR_DOTY_EMPIRICAL) |
| Вміст GC: | 45.5% |
| Ризик шпильок / димерів: | LOW |