In Silico PCR & Молекулярний аналіз QT-EVE-GH-008 SCHEMATIC / EMPIRICAL
Схематичний режим (Schematic Mode): Координати та шкала наведені відносно заявленої довжини амплікону.
Геномні координати BED заблоковані до надання верифікованої референсної послідовності.
Загальна характеристика ампліфікаційної системи
Цільова мішень:
Cotton
Cotton
Тип методу:
Quantitative PCR method for detection of cotton event GHB119 (EURL GMFF, 2012)
Quantitative PCR method for detection of cotton event GHB119 (EURL GMFF, 2012)
Статус у реєстрі:
EURL GMFF Validated
EURL GMFF Validated
Довжина амплікону:
90 bp
90 bp
Аналіз референсної послідовності (кероване обчислювальне завдання)
Відносна схематична топологія праймерів (Schematic Topology Map)
Прямий праймер (Forward)
Послідовність (5' → 3'):
CCAGTACTAAAATCCAGATCATGCA
| Довжина: | 25 nt |
| Nearest-Neighbor Tm: |
61.5°C
(SantaLucia 1998, 50mM Na+, 1.5mM Mg2+) |
| Емпірична оцінка Tm: | 54.4°C (MARMUR_DOTY_EMPIRICAL) |
| Вміст GC: | 4E+1% |
| Евристика шпильок / димерів: | LOW |
Зонд (Probe)
Послідовність (5' → 3'):
Не вказано
| Довжина: | 0 nt |
| Nearest-Neighbor Tm: | Н/Д |
| Емпірична оцінка Tm: | 0°C (NONE) |
| Вміст GC: | 0% |
| Флуорофор / Гасник: | Unspecified (Schematic) |
Зворотний праймер (Reverse)
Послідовність (5' → 3'):
GAAATTGCGTGACTCAAATTCC
| Довжина: | 22 nt |
| Nearest-Neighbor Tm: |
59.5°C
(SantaLucia 1998) |
| Емпірична оцінка Tm: | 51.1°C (MARMUR_DOTY_EMPIRICAL) |
| Вміст GC: | 40.9% |
| Ризик шпильок / димерів: | MODERATE |